Auteur Topic: DNA analyse van darmbiopten vertelt wie coeliakie heeft  (gelezen 51 keer)

tine

  • Gold Member
  • Berichten: 8774
  • Geslacht: Vrouw
  • Nulglutendieet
DNA analyse van darmbiopten vertelt wie coeliakie heeft
« Gepost op: november 23, 2020, 18:46:32 »
Kunstmatige intelligentie is tot veel in staat. Voer een computer met data, in dit geval van darmbiopten van mensen met en zonder coeliakie, en de computer slaat aan het rekenen, ordenen en rangschikken. Op basis van het DNA uit darmbiopten, kan de computer aanwijzen wie coeliakie heeft en wie niet. Zelfs als iemand al 6 maanden glutenvrij eet. Dit kan helpen bij de diagnose van coeliakie, vooral bij moeilijke gevallen waarbij de bloedtest die coeliakie antistoffen meet en de beoordeling van darmbiopten door de patholoog niet overeenkomen (de een positief, de ander negatief), of bij iemand die nog niet zo lang glutenvrij eet. Dit schrijven pathologen, computerwetenschappers en maagdarmleverartsen uit het Verenigd Koninkrijk.

J. Pathol. 2020 Nov 22. doi: 10.1002/path.5592. Online ahead of print.
Classification of intestinal T cell receptor repertoires using machine learning methods can identify patients with coeliac disease regardless of dietary gluten status
Andrew D Foers 1, M Saad Shoukat 1, Oliver E Welsh 1 2, Killian Donovan 3, Russell Petry 1 2, Shelley C Evans 1, Michael E B FitzPatrick 4, Nadine Collins 5, Paul Klenerman 4 6, Anna Fowler 7, Elizabeth J Soilleux 1 8

PMID: 33225446 DOI: 10.1002/path.5592

In coeliac disease (CeD), immune-mediated small intestinal damage is precipitated by gluten, leading to variable symptoms and complications, occasionally including aggressive T-cell lymphoma. Diagnosis, based primarily on histopathological examination of duodenal biopsies, is confounded by poor concordance between pathologists and minimal histological abnormality if insufficient gluten is consumed. CeD pathogenesis involves both CD4+ T-cell-mediated gluten recognition and CD8+ and γδ T-cell mediated inflammation, with a previous study demonstrating a permanent change in γδ T-cell populations in CeD. We leveraged this understanding and explored the diagnostic utility of bulk T-cell receptor (TCR) sequencing in assessing duodenal biopsies in CeD. Genomic DNA extracted from duodenal biopsies underwent sequencing for TCR-δ (TRD) (CeD, n =11; non-CeD, n=11) and TCR-γ (TRG)) (CeD, n =33; non-CeD, n=21). We developed a novel machine learning-based analysis of the TCR repertoire, clustering samples by diagnosis. Leave-one-out cross-validation (LOOCV) was performed to validate the classification algorithm. Using TRD repertoire,100% (22/22) duodenal biopsies were correctly classified, with a LOOCV accuracy of 91%. Using TCR-γ (TRG) repertoire, 94.4% (51/54) duodenal biopsies were correctly classified, with LOOCV of 87%. Duodenal biopsy TRG repertoire analysis permitted accurate classification of biopsies from patients with CeD following a strict gluten-free diet for at least 6 months, who would be misclassified by current tests. This result reflects permanent changes to the duodenal γδ TCR repertoire in CeD, even in the absence of gluten consumption. Our method could complement or replace histopathological diagnosis in CeD and might have particular clinical utility in the diagnostic testing of patients unable to tolerate dietary gluten, and for assessing duodenal biopsies with equivocal features. This approach is generalisable to any TCR/ BCR locus and any sequencing platform, with potential to predict diagnosis or prognosis in conditions mediated or modulated by the adaptive immune response.
Mijn zoon (20) en ik eten allebei glutenvrij. Wij zijn extreem gevoelig voor sporen van gluten (via besmetting, tarwe-derivaten en hulpstoffen). Ik ben wetenschapsredacteur voor het Glutenvrij Magazine van de NCV.