Ik denk graag met je mee.

Als je haar een paar dagen geen melk geeft en het verbetert niet, dan zal dat niet de oorzaak zijn. Overigens bestaat er een allergische reactie op melk die pas na uren een reactie geeft (het geldt voor vier allergenen: tarwe, melk, soja en gist, daar kunnen de darmen allergisch op reageren, niet direct maar een paar uur later, het is nog vrij onbekend en niet goed onderzocht).
Als het melk niet is, kan het verborgen gluten in het dieet zijn. Bijvoorbeeld als je brood hebt waar glutenvrij tarwezetmeel in zit. Of als je kind reageert op glucosestroop, maltodextrine, dextrose en nog een rijtje afgeleiden van tarwezetmeel, al is dat laatste niet erg waarschijnlijk bij iemand die net pas begint met glutenvrij eten. Een intolerantie voor glutenvrij tarwezetmeel komt wel vaker voor, dat heeft mijn zoon ook; in het begin van het dieet knapte hij op, maar hij zakte toch wat terug, toen kreeg ik opdracht van de kinderarts om hem brood zonder glutenvrij tarwezetmeel te geven, vanaf dat moment kreeg hij meer energie, kon hij beter slapen, en verdween zijn astma. Bij hem was en is zijn ontlasting een goede graadmeter. Als jouw kind eerst wel breiige ontlasting had en nu niet meer, lijkt het er niet op dat gluten de oorzaak is. Hou dus een beetje in de gaten hoe de ontlasting eruit ziet (groene ontlasting kan trouwens 'gewoon' een symptoom zijn van coeliakie
https://www.darmgezondheid.nl/darmgezondheid/stoelgang/kleur-van-de-ontlasting/ als het niet verdwijnt kun je het beste met je arts overleggen). Je moet nog leren welke signalen haar lichaam geeft als ergens een beetje gluten in zit. Daar gaat tijd overheen.
Is het dat ook niet, dan kunnen het gevoelige darmen zijn, die nog moeten herstellen, en maakt de hoeveelheid gluten in het glutenvrije eten niet veel uit. Het enige dat je dan kunt doen is bekende triggers van darmklachten vermijden zoals vet eten, veel kruiden, koolsoorten, uien ed. Kijk het gewoon even aan. Het kan ook oorzaken hebben die helemaal los staan van coeliakie. Bij kinderen zonder coeliakie heeft 1 op de 5 ook regelmatig buikklachten, het blijft nog even puzzelen dus.
Het kan niet anders of haar antistoffen gaan omlaag nu ze glutenvrij eet, en dat is een goed teken.
Dat ze minder melatonine nodig heeft is ook een goed signaal. Mijn zoon en ik kunnen alleen goed inslapen als we geen gluten(spoortjes) gegeten hebben, anders slapen we onrustig, kunnen we niet inslapen, liggen we uren lang wakker, worden we (10 uur na de dieetfout) wakker van een rommelende buik of jeuk, hebben we nachtmerries en ligt ons hele bed overhoop, mijn zoon kan ook zijn benen niet stil houden en ligt te stuiteren in zijn bed; toen hij klein was, raakte hij helemaal doorweekt van het zweet na een beetje gluten.
Ik zie al met al enkele plussen en enkele minnen, en dat lijkt me heel normaal... glutenvrij eten heb je niet van de ene op de andere dag onder de knie, het is een proces, je kon ook niet in 1 dag fietsen of autorijden, geef het gewoon de tijd en dan komt het goed. Veel succes!